Dưới đây là những nhân tố có thể làm mất cân bằng hệ vi sinh đường ruột:
1. Thuốc kháng sinh: Sử dụng nhiều thuốc khánh sinh có thể sẽ diệt hết các vi khuẩn đường ruột có lợi, tạo môi trường cho các vi khuẩn có hại, kể cả vi khuẩn kháng khánh sinh và các mầm bệnh phát triển gây nhiều căn bệnh nguy hiểm cho cơ thể.
2. Dược phẩm (phi kháng sinh): Tương tự nhiều loại dược phẩm (phi kháng sinh) cũng làm mất cân bằng hệ vi sinh (giảm lợi khuẩn, tăng hại khuẩn).
3. Đẻ mổ: Trẻ đẻ mổ có độ đa dạng hệ vi sinh đường ruột thấp hơn, dễ bị nhiễm khuẩn mầm bệnh và có hệ miễn dịch yếu hơn dẫn đến dễ bị mắc các bệnh như hen suyễn, dị ứng và béo phì hơn trẻ so với đẻ thường.
4. Chế độ ăn "hiện đại": Nên tránh chế độ ăn không lành mạnh như nạp nhiều bột, đường tinh chế, thực phẩm đã qua chế biến, chất tạo ngọt nhân tạo và thiếu chất xơ vì sẽ dẫn đến những thay đổi tiêu cực trong hệ vi sinh, gây rối loạn chức năng não, khả năng miễn dịch và chuyển hóa.
5. Thực phẩm biến đổi gien (GMO): Thực phẩm biến đổi gien có thể gây nhiều thay đổi trong hệ vi sinh đường ruột.
6. Giấc ngủ và nhịp sinh học bị gián đoạn: Thiếu ngủ và gián đoạn nhịp sinh học cũng là những yếu tố quan trọng ảnh hưởng đến hệ vi sinh đường ruột.
7. Căng thẳng (Stress) kéo dài: Stress có thể làm thay đổi quá trình oxy hóa của ruột và ảnh hưởng đến hệ vi sinh đường ruột.
8. Nhiễm trùng mạn tính: Mầm bệnh dạng nấm, vi khuẩn và virus làm thay đổi cấu trúc hệ vi sinh và gây hại nghiêm trọng cho sức khỏe đường ruột.