Hệ vi sinh đường ruột gồm tất cả các chủng loại vi sinh cư trú trong đường ruột có số lượng và loài vi sinh lớn hơn gấp nhiều lần so với những vùng khác của cơ thể. Hệ vi sinh đường ruột có vai trò rất quan trọng đối với sức khỏe. Bất cứ sự mất cân bằng nào trong hệ vi sinh đường ruột cũng sẽ ảnh hưởng trực tiếp đến hệ tiêu hóa và qua đó ảnh hưởng đến toàn cơ thể. Một số đặc điểm phân bổ của hệ vi sinh đường ruột, cụ thể như sau:
- Dạ dày có môi trường axit cao nên chỉ có 1 vài vi khuẩn và nấm men có thể cư ngụ, trong đó nổi tiếng nhất là vi khuẩn HP có thể gây viêm loét dạ dày và ung thư.
- Ruột non, nhất là phần dưới có môi trường hơi kiềm có cộng động vi sinh phong phú hơn. Ruột non cũng là nơi cư ngụ của nấm Candida, nếu phát triển vô độ sẽ gây ra nhiều triệu chứng về tiêu hóa như ợ hơi, đầy bụng, khó tiêu, buồn nôn, tiêu chảy...
- Ruột già là nơi có hệ sinh thái vi khuẩn lớn nhất trong cơ thể với 300-1000 loại chiếm 60% khối lượng phân khô, trong đó phần lớn là các vi khuẩn hội sinh có lợi, ngoài ra có một số vi khuẩn gây bệnh và nấm, đặc biệt là nấm Candida mang tính cơ hội cao, có thể sinh sôi phát triển khi cơ thể nạp nhiều đường bột hoặc khi các lợi khuẩn bị diệt bởi khánh sinh.