Đại tràng cần được làm sạch ít nhất 2 - 3 ngày ngay sau mỗi đợt tẩy sỏi vì nếu để sỏi mật, có thể chứa nhiều độc tố, tồn tại lâu trong đại tràng, thì những độc tố này có thể ngấm ngược vào máu gây dị ứng, nhiễm trùng, đau đầu, đầy bụng, đầy hơi, chán ăn, các vấn đề về tuyến giáp, ngứa da, nổi mụn, vv... Vì vậy để thực hiện việc tẩy sỏi gan mật an toàn, phải tuyệt đối tuân thủ nguyên tắc làm sạch đại tràng trong vòng 2-3 ngày sau khi hoàn thành mỗi lần tẩy sỏi.