Hệ vi khuẩn đường ruột, bao gồm các lợi khuẩn, sẽ không bị thay đổi. Nửa phần trên của đại tràng có chức năng sản sinh và tập hợp vi khuẩn đường ruột cần thiết cho sự cân bằng các chức năng của đại tràng. Ruột thừa có chức năng “chăn nuôi” các lợi khuẩn. Khi thức ăn không được tiêu hóa đúng cách, phân sẽ có xu hướng bám vào thành ruột. Nhiều lớp phân bám sẽ ức chế khiến thành ruột không sản sinh ra những lợi khuẩn cần thiết.
Đồng thời nó cũng làm giảm độ bôi trơn của thành ruột, làm tăng sự tắc nghẽn và sản sinh ra nhiều độc tố hơn. Theo đó, sự cân bằng acid/ kiềm (pH) cũng bị rối loạn, gây ức chế sự tăng trưởng của lợi khuẩn. Sự mất cân bằng này làm cho các hại khuẩn sinh sôi và phát triển quá mức trong đường ruột (các hại khuẩn giúp phân hủy chất thải nhưng đồng thời cũng sản sinh ra các độc tố mạnh).
Làm sạch đại tràng giúp phục hồi độ pH bình thường cho đường ruột. Trong môi trường thuận lợi hơn này, các lợi khuẩn sẽ lại sinh sôi, và các vi khuẩn gây bệnh sẽ bị kiềm chế.