Súc rửa đại tràng không hề có tác dụng phụ có hại. Tuy nhiên một vài người có thể gặp các triệu chứng giống như bị lạnh hay đau đầu sau khi súc rửa đại tràng. Nguyên nhân là do các độc tố “ngủ đông” trong đại tràng bị đẩy ra ngoài. Mặc dù vậy, một số chất thải chưa bị đào thải hết, và một lượng nhỏ các độc tố thoát ra và có thể bị tái hấp thu lại vào cơ thể. Các triệu chứng sẽ mất đi rất nhanh và người ta sẽ nhận được cảm giác tốt hơn trong những lần thải độc tiếp theo. Chưa thấy có báo cáo nào về tác dụng phụ có hại của súc rửa đại tràng.